BÖLÜM 1
Atlasın kullanımı
Bu atlas, yöntemin sekiz levhasını ve dört simülasyonunu belgeleyen basılı eşleniğidir. Her levhanın etkileşimli hâli sitede ayrı bir sayfada çalışır; bu belgede levhanın ne gösterdiği, hangi verilerden üretildiği ve nasıl okunacağı anlatılır.
1.1Levhalar ve simülasyonlar
Levhalar yöntemin durağan yapısını, simülasyonlar ise değişkenlerin birbirine nasıl bağlı olduğunu gösterir. Simülasyonlardaki tüm sayılar sentetiktir ve sabit bir tohumdan deterministik olarak üretilir; hasta verisi değildir ve hiçbir gerçek sonucu temsil etmez. Amaçları, bir değişken değiştiğinde kararın nasıl değiştiğini göstermektir.
TABLO 1Levha ve simülasyon dizini
| No | Başlık | Ne gösterir |
|---|---|---|
| PL I | Peptit penceresi | Mutasyon çevresindeki okuma penceresinin kaydırılmasıyla üretilen aday peptitler. |
| PL II | Sunum yolağı | Proteazomdan hücre yüzeyine uzanan basamaklar ve her basamağın seçiciliği. |
| PL III | HLA oluğu ve bağlanma motifi | Çapa pozisyonları ve T hücre reseptörüne bakan yan zincirler. |
| PL IV | Kanıt merdiveni | Beş basamak ve her basamakta kurulabilecek iddia. |
| PL V | Kapasite ve numune havuzu | Aday sayısı ile deney yuvası sayısı arasındaki fark ve dağıtım kuralı. |
| PL VI | Kilit zaman çizelgesi | Yöntem sürümlerinin ne zaman sabitlendiği ve hangi kararın hangi sürümle alındığı. |
| PL VII | Ajan mimarisi | Sekiz ajan, sözleşmeleri ve aralarındaki kapılar. |
| PL VIII | Yönetişim ve yetki alanı | Hangi kurumun hangi aşamayı bağladığı. |
| SIM 1 | Kapasite simülasyonu | Deney yuvası sayısı değiştiğinde beklenen bilgi kazancının nasıl değiştiği. |
| SIM 2 | Eşik simülasyonu | Tahmin eşiği değiştiğinde aday havuzunun ve yanlış pozitiflerin değişimi. |
| SIM 3 | Sızıntı simülasyonu | Eğitim ve değerlendirme kümeleri ayrılmadığında başarımın nasıl yapay olarak yükseldiği. |
| SIM 4 | Yanlılık simülasyonu | Ölçülmemiş bir değişkenin sonuçları nasıl kaydırabildiği. |